日間部碩士班分成設計理論（甲）、都市設計（乙）、智慧健康綠建築（丙）三組，提供學生特定專長以發展個人興趣與專業領域，深化建築、都市及工程專業理論與實務。近年研究以永續與健康環境、建築生命週期與再利用、建築與都市再生、都市防災及數位化科技為主要核心議題，目前已逐漸整合發展成為本系最重要之特色。必修課程除研究方法外，亦需修讀各群組的建築設計專題課程，如甲組專注以建築設計相關理論與提出環境的分析架構，乙組重視環境與永續都市設計，探討都市型態空間之規劃與設計，以及丙組之防災技術、材料構法與環境計劃與控制等。尤其，藉由各研究室資源整合的課程規劃，以建構資源共享的學習環境，提升學生之間的交流，達成實務連結、跨域整合需求，使學生擁有解決職場實務變遷之技術能力，落實高等技職教育的實質意義。 另外，因應國際化發展特色，近年如捷克、波蘭、法國、匈牙利、德國等外籍學生頻繁前來本系交流，經由國內外設計專題、國際工作營的共同參與，不僅可提升本地學生設計與溝通能力，並可拓展學習格局與國際視野。

碩士在職專班目前已不分組。與日間碩士班不同，本系強調尊重各研究室發展特色，也尊重學生學習意願，鼓勵學生選擇特定建築專長以發展個人興趣與專業，深化建築專業知識，使之具備解決職場問題之能力。研究議題主要配合業界時事發展，尤其鼓勵師生與業界合作，進行資訊交流與整合，促使產學技術與理論實務得以順利接軌，進一步掌握社會實務所需及時代脈動。