研究所課程以設計研究與跨域整合為核心，培養兼具理論深度、技術整合與策略思維的高階人才。近年議題聚焦永續與健康環境、建築生命週期與再利用、都市再生、防災與數位科技；必修包含研究方法與設計專題，並透過研究室資源共享、國際工作營、跨校選修與產學合作，強化獨立研究與實務解題力。碩士班分為甲組與乙組，提供不同專長脈絡，並鼓勵跨組修課與國際交流，擴充研究與設計視野。

甲組細分兩類：「建築設計與理論」，強化設計方法、史論閱讀、語彙建構與設計實作；「工程技術與環境控制」，著重構法、材料與建築生產、環境計畫與控制、綠建築與數位媒體整合。兩類皆以設計專題為核心，連結研究方法與實驗操作；學生可依興趣跨向修課，形塑「以研究引導設計、以設計驗證理論」之能力光譜，對接多元職涯與後續研究。

以都市設計為教學核心，訓練從都市形態、公共空間到再生策略的人本設計；採小組實習、場域踏查與跨系合作，強化策略規劃與議題整合。除與多國校院合作工作坊，自 2018 年與英國曼徹斯特大學推動碩士雙聯學位，透過國際課程與跨文化協作，提升專業溝通與擴展國際能見度。

在職專班專為建築、都市及相關領域的專業從業人員設計，採夜間與週末彈性排程兼顧職場與學習平衡。課程以設計專題、研究實務與策略分析為主軸，鼓勵以職場案件為研究題目，深化技術、管理與創新能力。學制提供歷屆課程標準與修業規定，整合表單流程以利在職學習；完成學分與論文後授予碩士學位。並透過業界師資與產學合作，強化專案整合與領導力，協助學員於原職場升級或轉向新興領域。

本系為強化國際合作與全球競爭力，與多所海外建築名校簽訂雙聯學位計畫。學生可於修業期間完成兩校課程與研究要求，並同時取得雙學位。結合海外夥伴院校之課程與研究資源，學生於修業期間完成兩校規定即可取得雙學位。以都市設計乙組為例，2018 年與英國曼徹斯特大學簽訂雙聯學位，提供 MSc Planning、MSc Urban Regeneration and Development、MSc Urban Design & International Planning 等選擇；並搭配國際工作坊與交換，培養跨文化溝通、研究訓練與國際職涯延展性。